İlk tahsilini Karaman ve Konya’da yapmasının ardından, istanbul’da Molla Hüsrev’in, Bursa’da Mevlana Hüsamzade Muslihiddin Efendi’lerin derslerini bitirerek onlardan icazet aldı ve Bursa’da hocasının kızı ile evlendi. Eğitimini tamamladıktan sonra Edirne Taşlık Ali Bey Medresisi’ne müderris olarak  tayin edilse de, Karamanlı Mehmet Paşa ile aralarının açılmasıdan dolayı, bu medresede uzun süre durmadı. Sadrazam,Zenbilli Ali Efendi'yi düşük bir maaşla Beylerbeyi medresesine atayınca, Ali Efendi, şeref ve haysiyetini gözeterek istifa ederek Şeyh Muslihiddin İbn-i Vefa Hazretlerinin hizmetine girdi.

Fatih Sultan Mehmed’in vefatının ardından  II. Beyazıd tarafından saraya davet edilmesine rağmen davete icebet etmedi. Kendisine darılan padişah, Zenbilli Ali Efendi’yi önce Bursa’ya sonra da Amasya’ya müderris olarak sürgüne yolladı. İsmail Hami Danişmend ise bu  davete icabet etmemesinin nedenini Ali Efendi'nin  Sultan Cem taraftarı olabileceği ihtimaline bağlar. Sürgünden müsadesiz ayrıldığı için görevinden azledildiyse de Padişah II. Beyazıd’ın görmüş olduğu bir rüya üzerine, Zenbilli Ali Efendi affedilerek, 1503 yılında Şeyh’ül İslamlık vazifesine getirildi ve  yeni bitmiş olan Beyazıd Medresesi’ne de müderris olarak atandı.

Yavuz Selim’in tahta çıkmasıyla ünü daha da arttı. Hakseverliği ve doğruluğu ve cesareti ile, Yavuz Sultan Selim'in gözüne girerek  onu etkisi altına aldı. "Eğer şeriata aykırı emirler verirsen, ben de senin Hal’ine fetva veririm" diyebilecek kadar cesur ve hakkaniyetli davrandı. Kanuni Sultan Süleyman döneminde de görevde kalan Zenbilli  Ali Efendi Rodos’un fethine de katıldı. Fethi takiben  imam ve hatiplik görevini yaptı ve orada İslami müesseseleri kurdu. (Hicri 932)  1526  yılında İstanbul’da vefat etti. Zenbilli  Ali Efendi'nin kabri  Zeyrek yokuşunda bulunmaktadır. Şeyh’ül-İslamlık vazifesi toplam 24 yıldır.

Ali Efendi'nin "Zenbilli" unvanının sebebi hikmeti ise şöyle bilinmektedir;kendisine sunulan soru kağıtlarını (istenen fetvaları) sarkıttığı zenbille alır ve  yine yanıtlarını  soru sahiplerine zenbille verir.i Efendi ismini almıştır.
Fıkıh alanında Muhtaratü’l Feteva adlı bir eseri ile manzum ve mensur olarak  iki adet risalesi vardır. Ayrıca II. Beyazıd şahsında  ahlâk ilmi ile alakalı bir eseri de bulunmaktadır.